Да от рута.
Сразу после выставления уровня в alsamixer. Уровень после выполнения команды alsactl restore не меняется.
Пробовал в разном сочетании и последовательности команды alsactl store, alsactl store NVidia, alsactl restore NVidia.
NVidia имя карты.
Попробуйте так:
1. настройте уровни, как нужно через alsamixer (неважно кем)
2 (от рута в его хомяке):
alsactl -f good store
3. перенастраиваем уровни alsamix-ером и запоминаем уровень звука
4. (от рута в его хомяке):
alsactl -f good restore
5. проверяем, восстановился ли уровень...
Если нет - вы у себя не хозяин ;)