конфигурации абсолютно разные перерегистрировать уже пробовал, сейчас буду тогда пробовать связаться с теми кто делал её
Понятно. Засада здесь в том, что под виндой проблемная база таки запускается. А что ей не дает запускаться под wine в Linux, покрыто мраком. Хорошо, если программеры пойдут вам навстречу и попробуют разобраться. Но помните, что никто не будет вам гарантировать стабильную работу win-версии 1С в этом окружении.
P.S. Я бы попробовал запускать проблемную ИБ в режиме отладки. Но тут надо знать что и как делать и куда и на что смотреть.
P.P.S. Отпишитесь по результатам. Потому что не исключаю других причин проблемы.