да не понятно, 1С использует ключ от сервера, без него не дает проверить локально, может в wine все нормально
Лицензия программная или аппаратная?
Насколько я понимаю, у вас проблемная ИБ стопорится после идентификации пользователя. Помимо всего прочего, тут как раз идет проверка на наличие лицензии. Но другая база у вас работает, значит обмен с сервером 1С Предприятия проходит и лицензия выдается. Пока подозрения остаются на конфигурацию проблемной ИБ.
Для очистки совести и подозрений с сервера, можно на сервере создать пустую ИБ в клиент-серверном режиме. Сначала залить в нее бэкап из рабочей ИБ, попробовать подключиться к ней с Linux, потом залить в нее бэкап из проблемной ИБ и тоже попробовать подключиться.