Где пропадает звук?
Где пропадает как раз понятно. И даже понятно, почему пропадает. Современные звуковые чипы умеют определять, к какому "выходу" подключено устройство, и даже догадываются о типе устройства (наушники, колонки, микрофон). И, соответственно, в зависимости от типа устройства железка сама конфигурирует свой порт как вход или выход и т.п. Некоторые линуксовые драйвера для некоторых звуковых чипов в некоторой степени умеют это обрабатывать. А в остальных случаях это просто глючит :)
Но конкретно по данной ситуации рабочего решения не скажу. Могу только дать общие советы:
* попробовать загружать Линукс с уже подключенными колонками
* попробовать после подключения колонок покрутить регуляторы в микшере (возможно, какой-то из них отключен или стоит в нуле)
* если ничего не помогает, то подписаться на hardware@, и написать туда письмо описанием проблемы и с приложением результатов работы команды lspci -v
Скорее всего, все будет работать. Надо просто где-то подкрутить настройку.