Например в Alt 11 есть Planify
Интерфейс максимально гномовский.
Работает как с локальным хранилищем задач так и с разными облачными учетками.
Локально данные хранятся в профиле пользователя. Если залогинился под пользователем - то и данные в Planify доступны.
На счет шифрования не в курсе, это вряд-ли нужно.
Есть еще ProjectLibre.
Интерфейс древний, но функционал наверняка существенно шире чем в planify, впрочем не факт что это нужно.
Внутри офлайнового почтовика Evolution так же есть возможность вести задачи, и кажись хранить их можно как в локальных файлах так и в облачных учетках, но это не точно.
В Alt 11 есть еще приложение Iotas.
Это ведение заметок, но заметки можно категоризировать, и таким образом раскидывать заметки по кучкам, что можно считать категориями задач.
Заметки пишутся в Markdown, и есть предпросмотр отрендеренного.
Данные хранятся где-то в профиле пользователя.
