В целом привел все к привычному виду, можно жить дальше. Получается, что чтобы все было как и раньше, теперь шрифт везде в системе надо ставить 12, он отрисовывается так-же, как раньше был 10. Мне интересно, это нормально или это косяк который потом исправят? В приложениях GTK-3 шрифт крупнее чем в GTK-2, если шрифт в системе увеличивать или уменьшать, то в приложениях и GTK-2 и GTK-3 он тоже увеличивается или уменьшается, но в GTK-3 он всегда гораздо крупнее чем в GTK-2. Это нормально или нет?
Если у Clearlooks-Phenix стереть папку GTK-3.0, то приложения GTK-3 и без темы отлично отрисовываются, на мой взгляд(видимо там Adwaita по умолчанию). Хотя Adwaita для кросс-платформенных приложений не подходит. Поля ввода текста у неё просто огромные, в Windows и Linux + Adwaita одно и то-же приложение сильно отличается, из-за огромных полей все элементы начинают заезжать друг на друга.
Значки временно установил похожие, но все равно они не такие, надеюсь что починят.
Остались только не работающие пункты в контекстном меню Thunar "Создать архив" и "Распаковать".
ps.
Грузиться похоже быстрее стало или просто службы какие то после обновления поотключались.