В общем-то, в названии темы описана суть проблемы, которая уже решена, решил разместить на форуме, как помощь тем, кто наступит на те же грабли. Итак:
После некоторого "баловства шаловливых ручек" перезагрузился и обнаружил, что все каталоги из хомяка разместились на рабочем столе.
Причем интересен факт в том, что это проявлялось в типе комнаты "ПАПКА", в любых других комнатах ничего подобного не было. Это были именно каталоги и файлы из /home, а не ярлыки на них. Сам же каталог "Рабочий стол" из хомяка был пуст. Попытка удаления "лишнего" с рабочего стола удаляла их из домашнего каталога.
Можно было просто использовать любой тип комнаты, кроме "Папка", но я уже привык к этому виджету и хотел найти причину такого поведения системы. В результате нашел решение:
1) Удалить каталог "Рабочий стол" из /home
2) Открыть на редактирование файл ~/.config/user-dirs.dirs
Сам конфиг файла выглядит примерно следующим образом:
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/"
XDG_PHOTOS_DIR="$HOME/"
XDG_MOVIES_DIR="$HOME/"
Результатом ошибки было то, что в строчке
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/"
Отсутствовала запись "Рабочий стол", как впрочем и другие записи
После приведения конфига к правильному виду, т.е. записи правильных значений
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Рабочий стол" и перезагрузки все встало на свои места.