Когда я делаю снимок изображения из vlc (камера даёт видео 640х480) - там какое получается dpi? 75 или другое?
Не. Так у Вас ничего не выйдет. Запутаетесь. Надо ещё учитывать с каким масштабом это 640х480 натягивается на экран. Вы ведь эту картинку можете и на весь экран растянуть, или наоборот уменьшить до произвольного окна.
Gimp как раз правильно размер в пикселях (не экрана, а самой картинки) показывает, независимо от масштаба на экране. Может гулять только 1-2 пикселя, за счёт дробных пикселей при масштабировании.
Самый простой способ -- сделать картинку с микроскопа, с образца эталонного размера и рассчитать коэффициент к тому, что показывает Gimp. Вы ведь можете в микроскоп запихнуть, что нибудь, размер чего известен? Так будет проще всего -- один раз посчитали коэффициент и можно на любом компьютере пользоваться. dpi в этом случае никаким боком не влияет. Единственно, может придётся несколько коэффициентов просчитать, если у микроскопа размер картинки и/или увеличение изменяются.
К примеру, кладёте под микроскоп образец_длиной_1мм=A, получаете с микроскопа картинку 640х480 пикселей. Открываете эту картинку в Gimp, измеряете длину образца, пусть будет 200_пикселей=P. Тогда k=A/P=1/200, записываете значение k и используете его потом. Следовательно, любой другой размер на картинке с этого микроскопа будет L=kP[мм]. Однако это действительно только в том случае, когда увеличение микроскопа не изменяется, полученная картинка всегда одного размера (в пикселях), нигде не обрабатывается и размер её в пикселях не изменяется.
P.S. А на картинке с микроскопа нет линейки?