Если я правильно понял идею этих модулей, то это пакет со всеми необходимыми либами для своей работы запиханный в какой-то контейнер.
В таком варианте:
1) Дистрибутив распухает до огромных размеров , так как автор метода видимо не задумывался об этом ( разделяемые библиотеки рулят ) .
2) Допустим нашли очередную дыру в яве, у нас ее просто заткнут и обновят яву, а у вас будут менять вручную несколько десятков контейнеров, приложения в которых лежат вместе с этой явой ?