У меня было такое, но выглядело по-другому, т.к. у меня Сизиф на компьютере свежий и обновляется.
Выглядело так - обновление какой-то библиотеки выносило gst-ffmpeg (по-видимому, новая версия библиотеки конфликтовала с gst-ffmpeg), и вслед за ней выносился libreoffice. Что это была за библиотека, я не знаю.
Смог побороть, почистив систему - удалив все lib-пакеты, от которых ничего не зависит. В результате, вероятно, была удалена проблемная библиотека.
Так что вам нужно найти ту самую проблемную библиотеку. Без большого опыта работы с сизифом, пакетами, зависимостями и т.д. лучше этим не заниматься.