Как бы теперь узнать - какие модули реально пригодились?
Я не думаю, что это имеет смысл делать. Необходимо при сборке rootfs добавлять в initrd потенциально необходимые модули. Т.е. искать все модули, исключив из поиска директории, в которых точно нет модулей, необходимых для загрузки. А затем их добавлять при make-initrd.
А, кстати, сделайте make-initrd и посмотрите, кто остался.