Все проверено, небольшая заметка для столкнувшихся с данной проблемой. Графический (пользовательский) вариант, пока не решен.
Смена хост и других клавиш в приложении Remmina через конфигурационный файл:
Закрыть remmina в окне и в трее, чтобы приложение не переписало отредактированный конфигурационный файл.
Файл находится в ~/.config/remmina/remmina.pref в Simply или ~/.remmina/remmina.pref в Centavr
Добавить/заменить строчку:
hostkey=65514 - host клавиша
shortcutkey_grab=65514 - захват клавиатуры
(Сканкод 65514 это правый alt или 0xffe9)
можно другой сканкод вписать определив его в приложении xev (запускается в консоли - параметр в строке событий выглядит как, keysym 0xffe9, Alt_R), перевод клавиш с шестнадцатеричного в десятичный код можно произвести с помощью калькулятора в режиме программирования.