Методом исключения устанавливаем вторую графическую оболочку вместе со всеми причиндалами, в том числе, файловым менеджером и проверяем в нём. Если Виндовс-раздел примонтируется без ввода пароля и в другом файловом менеджере - значит изменили polkit, если ввод пароля затребует - значит проблема в Thunar'e.