Поспешил я с группой video. Членство в ней не имеет значения.
А вот что имеет: Если сначала запустить ffmpeg и сконвертить видео с помощью NVENC, то после этого единственного запуска последующие можно делать не под root.
Не исключаю, что требуются еще какие-то настройки. Например, в составе драйвера (но не пакетов P9) есть nvidia-persistenced. nvidia-smi что-то может показать/сделать с persistence. Что это - я пока не знаю.