Скрипты должен запускать не thunar, а интерпретатор команд.
https://git.xfce.org/xfce/thunar/commit/?id=b385bcf
Про то же и разработчики thunar намеренно сломали для безопасности пользователей. Тогда и на рабочем столе надо также сделать если на то пошло.
Не знаю как в ваших сыстемдях, но в стартерките sysv-xfce так и сделано:
Скрипты не запустятся ни из thunar, ни из Рабочего стола.
$ cat $HOME/reserv/mimeapps.list
[Added Associations]
x-scheme-handler/http=exo-web-browser.desktop
x-scheme-handler/https=exo-web-browser.desktop
text/plain=mousepad.desktop;
image/jpeg=ristretto.desktop;
audio/mpeg=gmplayer.desktop;
application/x-shellscript=mousepad.desktop;
Чтобы запускалось из thunar, надо править mime типы руками.
$ cat $HOME/.config/mimeapps.list
[Added Associations]
x-scheme-handler/http=exo-web-browser.desktop
x-scheme-handler/https=exo-web-browser.desktop
text/plain=mousepad.desktop;userapp-sh-TKM6GF.desktop;
image/jpeg=ristretto.desktop;
audio/mpeg=gmplayer.desktop;
application/x-shellscript=mousepad.desktop;
[Default Applications]
text/plain=userapp-sh-TKM6GF.desktop
$ find $HOME -name "*userapp-sh-TKM6GF.desktop*"
/home/user/.local/share/applications/userapp-sh-TKM6GF.desktop
$ cat /home/user/.local/share/applications/userapp-sh-TKM6GF.desktop
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Version=1.0
Type=Application
NoDisplay=true
Exec=/bin/sh %f
Name=sh
Comment=Особое определение для sh
Настраивается через:
Открыть с помощью другого приложения
Запуск с рабочего стола
$ ps -eo pid,command | grep endless
3404 /bin/sh /home/user/Рабочий стол/endless-cycle.sh
8563 grep endless
Запуск из thunar
$ ps -eo pid,command | grep endless
8618 /bin/sh /home/user/endless-cycle.sh
8637 grep endless
Но вы же понимаете, что истинное имя файла не покажу.