С проблемой разобрался.
Есть такой файлик
/etc/X11/xorg.conf.d/95-input-keyboard.conf
Section "InputClass"
Identifier "keyboard"
MatchIsKeyboard "true"
Driver "evdev"
Option "XkbLayout" "us,ru"
Option "XkbOptions" "grp:ctrl_shift_toggle,grp:switch"
EndSection
Насколько я понял, именно он вызывается для инициализации клавиатуры после выхода из режима сна.
И самое интересное, что строчки Option ... в нем закомментированы!
Соответственно, неудивительно, почему после выхода из сна, переключение клавиатуры слетает.
Строчки раскомментируем и все начинает работать.
Прошу разрабов обратить на это внимание.
P.S. "grp:ctrl_shift_toggle,grp:switch" изначально стояло "caps_toggle...", переделал под себя.