По поводу Явы - проверьте версию в Синаптике - а-ля Старт -> Система -> Программа управления пакетами Synaptic.
Там есть разделы (категории пакетов-программ), и есть поиск (вверху кнопка Искать), введите там java и посмотрите, что он найдет.
Например, там есть Java-1.6.0-sun и java-1.7.0.-openjdk (это, я так понимаю, официальные, а есть и свободные версии Явы, только не помню, как называются...), у меня в огнелисе вроде работает (для просмотра сайтов с ява-скриптами). А по поводу скачанных программ - какие (в каком формате) и откуда качали? Дайте хоть ссылку...
Про компиз... Ради любопытства пробовал разобраться с ним, пытался включить эффекты, особенно было интересно увидеть эффект Куба, но не включился. Как у вас. Но я им и не пользуюсь, ибо красоты с эффектами не нужны, нужна стабильная и быстрая работа. :)