Попробуйте поиграться с параметрами в /etc/systemd/system.conf
в частности, вместо умолчательного
#DefaultTimeoutStopSec=90s
Прописать явно:
DefaultTimeoutStopSec=15s
Скорей всего проблема связана с каким-то демоном, с большой вероятностью, связанным с сетью или messagebus - поздно выключается и не может нормально отключиться или от сети (которй уже нет), или от сокета.