Возможно то, что не получается запустить его связано с багой
Никак не связано. Так как:
После ввода в терминале под рут команды caffeine-indicator появляется значек где можно активировать или деактивировать работу кафеина, но после перезагрузки он снова пропадает.
Вам нужно добавить caffeine-indicator в автозапуск. Для этого Меню пуск -> Настройки -> Диспетчер настроек -> Сеансы и запуск -> вкладка Автозапуск -> Убираем галочку напротив caffeine -> нажимаем кнопку добавить, пишем в поле Имя caffeine-indicator, в поле Команда пишем /usr/bin/caffeine-indicator
После чего перезапускаем сеанс.
Мой косяк. Недосмотрел, что вместо caffeine-indicator запускается caffeine. Исправлю. После того как вместе с обновлением придёт исправление, этот пункт из автозапуска нужно будет убрать.