В случае неизвестной ошибки, пробуйте запустить приложение вручную как указано в десктоп-файле и смотрите ошибку.
Например, на примере medit:
Смотрим пути к исполняемому файлу и десктоп-файлу
$ rpm -ql medit | grep 'desktop$\|bin/'
/usr/bin/medit
/usr/share/applications/medit.desktop
Смотрим команду в десктоп-файле
$ grep ^Exec= /usr/share/applications/medit.desktop
Exec=medit %F
Запускаем этой же командой указанной в Exec desktop-файла, - редактор на запуске выдаёт некритичную ошибку, которая запуску редактора не мешает
$ medit %F
(medit:23209): Gtk-WARNING **: 11:09:31.823: Загружаемый модуль тем не найден в module_path: «adwaita»,
(medit:23209): Gtk-WARNING **: 11:09:31.828: Загружаемый модуль тем не найден в module_path: «adwaita»,
Также посмотрите, что не так в самом desktop-файле.