у меня похожая проблема. Раз уж заговорили, то отпишусь.
видеофайлы формата mkv высокого разрешения на динамичных картинках в VLC тормозят (в кафеине тоже тормозят, во всех плеерах так), но из винды в медиаплеере всё идет гладко. В чём может быть проблема?