Либо убрать "[--вставлено-- система]" и руками прописывать каждый пункт, либо править .desktop файлы в /usr/share/applications. Скрывать можно опцией Hidden=true.
У каждого варианта есть недостатки и достоинства: в первом случае, для каждого вновь установленного приложения придется добавлять ярлык вручную, во втором - долгий и нудный вариант правки .desktop файлов, к тому же, их придется править каждый раз при обновлении соответствующего приложения.