Надо взглянуть, что в каждый новый пакет входит, сохранить текущий пакет, в смысле его содержимое, снять с hold, обновиться, и удалить один из этих пакетов. Как вариант - вообще удалить chromium-pepperflash, раскидав потом из руками него только то, что надо.