Ну короче сам разобрался. Думаю, ядро с PAE по идее должно содержаться чисто в initrd, т.к. даже подстановка ядра от другого дистрибутива вроде прокатывала. Сборка всего сразу тоже вроде получилась. Вот такой командой:
make ARCHES="x86_64 i586" IMAGEDIR=/run/media/altlinux/ABRACADABRA/Linux CLEAN=1 alt-p9-lxde.iso alt-p9-lxqt.iso alt-p9-xfce.iso alt-p9-gnome3.iso alt-p9-mate.iso alt-p9-cinnamon.iso alt-p9-kde5.iso
Возникли проблемы со сборкой на другом компьютере с 4Гб оперативы. Хоть убей, выдает ошибку Package installation failed, хотя вроде все точно так же делаю, как и на своем. Подозреваю конечно, что кончается диск, но своп тоже 16Гб, так что пока не понятно. А так хотелось запустить сборку на другом компе, а самому заниматься чем то параллельно.
Также пока остается открытым вопрос со сборкой еще и p8 под p9. Но тут вряд ли выйдет. Даже если это возможно, придется все репозитории менять. А с apt.conf я пока что то не разобрался. Насколько я понял, репозитории можно прописать туда, но в дефолтном конфиге о них вообще ни слова, так что у меня нет никакого примера, как это сделать. А попытка просто добавить репозитории p8 в Synaptic не увенчалась успехом. Может это опять же из за ограничений памяти, но вылетела ошибка переполнения mmap и Synaptic умер. А до этого, пока не допер про репозитории, выскакивала какая-то ошибка ibus или что то типа того.