Ну если кде уже есть, то крусайдер подойдет. А так файлзила самое оно для работы с фтп. Обожаю это программу. Что касается мс, то в хелпе при подключении к фтп серверу ничего не говорится о FTPS, то наверное нельзя. Еще я слышал есть консольный lftp, но не знаю умеет он или нет. Это если вам нужна консольная программа.