Есть более интересное решение, если речь об обновлении системы.
Скаченные обновления, копируются и переименовываются в более другое место.
"Более другое место" сравнивается с репозитарием в инете, и уникальные файлы удаляются. (man rSync)
Из файлов в "более другом месте" создается собственный репозитарий.
Файлы в кеше APT удаляются.
Информации как на форуме, так и на WIKI море.
А плодить разделы, конечно можно, но не нужно. На каждый каталог свой раздел, в принципе правильное решение, но очень не эффективно использующее дисковое пространство.
Не стоит забывать про симлинки, и возможность монтировать каталоги, а не целые разделы в нужное место.
Самое простое решение, перенести кеш APT одним из (минимум тремя способами) способов на раздел на /home например.
Так же можно туда же перенести кеши прокси.
И добрый совет. Прочтите пару книжек по юникс подобным системам, что поможет избавится от ряда вредных привычек, не дожидаясь добрых советов.