DHCP используешь? Через него можно сказать, какой файл использовать, и где его брать, для авто конфигурации.
от этого apache отдавать правильнее не станет.
За то исчезнут другие грабли :)
И к топик стартеру вопрос.
У вас на клиентах windows?
В обозревателе откройте три файла отключив прокси, и авто настройку его.
1)
http://wpad.DNS_домен_клиентского_компьютера/wpad.dat
2) http://ип_адрес_вашего_сервера/wpad.dat
3) http://имя_вашего_сервера/wpad.dat
В каких случаях Вы видите содержимое Вашего файла wpad.dat?