В качестве заглушки можно вписать
export ac_cv_path_PKG_CONFIG="%_bindir/pkg-config --recursive"
перед %configure,
Спасибо. А есть ли аналогичная заглушка для Cmake ?
Я не собираю пакет, мне просто нужно время от времени компилировать программу из гитхаба, а у нее CMakeLists.txt написаны для как раз тех дистрибутивов, где рекурсия pkg-config подключена.