OK, спасибо за уточнение.
Для массового применения у token-manager никакая поддержка FLASH носителей, но это не ваша разработка и ФССП их видимо тоже не особо применяют.
А вот Казначейство в основном выдавало (и выдает) сертификаты на таких носителях и зарегистрировать их не очень тривиально (нужно по уникальному имени, т.к. основное в cp1251). Видимо с CSP5 попроще, но лицензии на него надо покупать.