При выполнении pm-suspend от root'а уходит в ждущий режим безотказно. Но, почему-то не все запущенные до этого приложения оказываются закрытыми
Вот эту фразу не понял: они и не должны закрываться.
При suspend всё сохраняется в памяти вплоть до работы программ исключая дисковые операции.
После просыпания идёт обращение к точке возврата. Если вы видели когда-нибудь Спектрум и файлы сброшенные на диск по кнопке Magic, вы поймёте что это такое и как оно работает. В Линукс это почти то же самое.
Скажем если mplayer гнал аудиопоток, то он после просыпания из памяти будет пытаться продолжать воспроизвести поток, но не сможет, поскольку коннект был потерян в момент засыпания компьютера в целом и сетевой подсистемы в частности.
При выполнении pm-suspend от root'а уходит в ждущий режим безотказно.
А, ну тогда со всеми вопросами к Лёньке Поцтеру. Это он в Линукс главный инноватор.
Тут логика простая как кирпич:
Если не acpi и не ядро, то это к Лёньке.