Я так понял, "повреждённые" - это недокачанные, либо скопированные с битого носителя с игнорированием ошибок. В таком случае кроме отсутствия собственно данных ещё сбивается индекс, и становится невозможным проматывать видео на произвольный участок. В таком случае надо восстановить индексы, не перекодируя аудио и видео каналы, например тем же ffmpeg сделать "конвертацию" с параметрами -vcodec copy -acodec copy