В чём может быть проблема?
В незнании вами того, что вы делаете.
У вас-же ясным языком написано, то, где он ищет include:
-I. -Igenerators -Igenerators/unix -Igenerators/win32 -Igenerators/mac -I/home/user/qt-3/include/qmake -I/home/user/qt-3/include -I/home/user/qt-3/include -I/home/user/qt-3/mkspecs/linux-g++
А у вас он лежит в:
(системные пропускаю)
/home/user/qt-3/src/tools/qstringlist.h
/home/user/local/qt/src/tools/qstringlist.h
Учите матчасть, или не беритесь за штурвал :)
Зачем вам собранный Qt3, если есть qt3-3.3.8d во всех репозиториях? Вы точно уверены в том, что делаете и у вас достаточно знаний не использовать готовый пакет?
Ну, может ему хочется что-то скомпилить :)
"Пускай на кошках учится"