X-ы не могут работать с масштабируемыми xlfd-шрифтами. Т.е. речь о шрифтах, обрабатываемых на стороне сервера, а не об xft.
Суть проблемы в том, что для того, чтобы X server мог использовать масштабируемые шрифты в каталоге с набором шрифтов должны быть два файла, описывающих эти шрифты: fonts.dir, fonts.scale. Содержание этих файлов идентично. Файлы имеются в наличии, если установлены соответствующие пакеты. Но странным образом fonts.dir является символической ссылкой на fonts.scale. X server же, судя по всему, не может корректно обработать fonts.dir, когда тот является символической ссылкой. В то же время, когда fonts.scale является символической ссылкой на реальный файл fonts.dir, то шрифты подключаются. Определенная логика в данном поведении есть, хотя она, возможно и спорная. Но факт остается фактом - ни один установленный из репозитория масштабируемый шрифт, обрабатываемый на стороне сервера, недоступен.
Надеюсь, что это не сложно будет поправить.
Кстати, такое впечатление, что кто-то когда-то один раз криво собрал пакеты с X-ми шрифтами, а очень многие тупо передрали эти пакеты во многие дистрибутивы, особо не заботясь о том, что такие шрифты кем-то будут использоваться. По крайней мере аналогичные проблемы я встречал не только в Альте. Хотя, возможно, что это разработчики Xorg, ни кого не предупредив, поменяли что-то в X-ах.
