что другой просто теряется (другой класс на след уроке)
Ой! У вас все под одним логином? А сюрпризов не боитесь? Вот, к примеру: вносим в bash_profile (или в любой другой автозапуск) вызов скрипта, который записывает в cron регулярное (раз в час, в концу 5 урока и т.п.) удаление всех пользовательских файлов, а потом удаляет запись о себе из bash_profile.
В результате один умный мальчик делает так, в следующем классе обычный мальчик входит в систему, и активирует бомбу, а потом у девочки из следующего класса в конце урока просто исчезают все файлы. Учитель лезет в логи, находит запись в крон во время работы второго класса, и дает втык ни в чем неповинному мальчику или девочке. А самый первый умный мальчик получил много lulz :), потому что учитель может даже до логов не догадаться, а уж до сравнения времени модификации файлов...
Каждому ученику по своему юзеру, и пусть делает что угодно. Когда они доведут свой профиль до неработоспособного, просто восстанавливать его на дефолтный.