Теперь стало чётко понятно, какой пакет отвечает за время :)
Несовсем.
Если бы все пользовались системным /etc/localtime, было бы замечательно, но это не так, есть подводные камни:
http://lists.altlinux.org/pipermail/community/2014-October/682832.html, и, дальше по треду, развитие темы в сторону некоторых СУБД. Возможно, список не полон.
Что касается
Но при каждой ручной смене зоны нужно будет запускать команду:
# update_chrooted conf
Если я правильно помню, update_chrooted ещё и при перезагрузке вызывается. Правда, не могу говорить за СПТ.