"Для особо одаренных"
# apt-cdrom add
(для второго диска, а если "случайно стёрлась" запись, то т для первого)
# apt-get update
В репозитории теперь должны быть оба диска.
Дальше стандартно - или через Центр Управления, или Synaptic (кстати, через них наверное можно было
второй диск добавить, но через apt-cdrom быстрее), или apt-shell, или apt-get.
Примечание :
# - означает, что команда подаётся от root.