tema, я думаю Андрей имел в виду следующее. Если я не прав, я думаю он меня поправит.
Он не будет заменять апстимовские исходники Вашими. Он будет делать на их основе patch для апстимовских исходников и накладывать его на исходники средствами сборочной среды.
Соответственно, нужно чтобы в Вашей версии исходников, не вносились "незначащие" изменения - пробелы, форматирование и пр.
Т.е можно и нужно исправлять ошибки, добавить проверки и пр., но нужно при этом сохранять стиль форматирования оригинала, избегать замены пробелов на табуляции и наоборот, делать reformat средствами IDE и пр. Т.е. те строки кода, в которые не вносились осознанно изменения не должны измениться.