Всё оказалось проще простого. В свой .XCompose я добавил строки:
include "/usr/share/X11/locale/en_US.UTF-8/Compose"
И работоспособность восстановилась. Всё опять работает и в приложениях GTK и в приложениях Qt. Хотя, не совсем понятно, почему всё так. Т.е. Пользовательский XCompose, вроде как, перекрывал системный? Но и ладно, решение меня удовлетворило.
Тему, в принципе можно удалить, но может кому и пригодится.