Например меня смущает почему нет зависимостей libwine-vanilla-gl и wine-mono из-за этого у многих новеньких пользователей вайна возникают проблемы
Потому, что надо делать не зависимость у wine на libwine-vanilla-gl и wine-mono и т.п., а создавать виртуальный пакет, типа wine-default или wine-gamer, который-бы тянул пакеты. нужные большинству пользователю, а вставлять в зависимости пакеты, которые могут потребоваться, а кому-то и нет, это не дело, т.к. кто-то совсем не захочет пользоваться libwine-vanilla-gl и wine-mono, а вы ему по зависимостям поставите.
PS Вы где-то написали, что в свой пакет хотите поставить "левую зависимость", это то-же неправильно, лучше создать какой-нибудб виртуальный пакет.