Не запускается R-studio

[Сергей-70]

Добрый день! После установки Rstudio вылетает сообщение об ошибке -

Код: [Выделить]

R lib path (/usr/lib64/R/lib) not foundСистема Simply 8.2

[Speccyfighter]

Добрый день! После установки Rstudio вылетает сообщение об ошибке -

Код: [Выделить]

R lib path (/usr/lib64/R/lib) not foundСистема Simply 8.2

Верно. Такого каталога не существует.
Программа обращается к несуществующему каталогу.
В 32бит системе должно быть обращение к каталогу

Код: [Выделить]

$ rpm -ql R-base|grep 'usr/lib/R/lib'|head -n1
/usr/lib/R/library

Программа устанавливается корректно, но при этом при старте программы обращение идёт к

Код: [Выделить]

R Not Found
R lib path (/usr/lib/R/lib) not found

Ошибка в коде. Пакет без входящего контроля и без проверки, после сборки попал и в стабильный репозиторий.

Вешайте ошибку на сизифный пакет и просите исправленный пакет собрать и в p8/branch.

[Speccyfighter]

Пакет вместе с собой притащит 13 пакетов:

Код: [Выделить]

R-base gdb gdb-common libboost_date_time1.58.0 libboost_filesystem1.58.0 libboost_iostreams1.58.0
 libboost_program_options1.58.0 libboost_regex1.58.0 libboost_signals1.58.0 libboost_system1.58.0 libboost_thread1.58.0
 rstudio rstudio-common

Но не пытайтесь обмануть её симлинком.

Код: [Выделить]

$ ls -l /usr/lib/R/lib
lrwxrwxrwx 1 root root 18 окт 30 18:41 /usr/lib/R/lib -> /usr/lib/R/library

На старте она будет очень недовольна:

Код: [Выделить]

R shared library (/usr/lib/R/lib/libR.so) not found. If this is a custom build of R,
was it built with the --enable-R-shlib option?


Код: [Выделить]

$ ls /usr/lib/R/lib/libR.so
ls: невозможно получить доступ к '/usr/lib/R/lib/libR.so': Нет такого файла или каталога


Код: [Выделить]

$ ls -1F /usr/lib/R/lib/
base/
boot/
class/
cluster/
codetools/
compiler/
datasets/
foreign/
graphics/
grDevices/
grid/
KernSmooth/
lattice/
MASS/
Matrix/
methods/
mgcv/
nlme/
nnet/
parallel/
rpart/
spatial/
splines/
stats/
stats4/
survival/
tools/
utils/


[Speccyfighter]

Кстати, на скорую руку программу можно обмануть так:
С поправкой на то, что у вас не /usr/lib, а /usr/lib64

Код: [Выделить]

# apt-get install rstudio
Чтение списков пакетов... Завершено
Построение дерева зависимостей... Завершено
Следующие дополнительные пакеты будут установлены:
  R-base gdb gdb-common libboost_date_time1.58.0 libboost_filesystem1.58.0 libboost_iostreams1.58.0
  libboost_program_options1.58.0 libboost_regex1.58.0 libboost_signals1.58.0 libboost_system1.58.0 libboost_thread1.58.0
  rstudio-common
Следующие НОВЫЕ пакеты будут установлены:
  R-base gdb gdb-common libboost_date_time1.58.0 libboost_filesystem1.58.0 libboost_iostreams1.58.0
  libboost_program_options1.58.0 libboost_regex1.58.0 libboost_signals1.58.0 libboost_system1.58.0 libboost_thread1.58.0
  rstudio rstudio-common
0 будет обновлено, 13 новых установлено, 0 пакетов будет удалено и 178 не будет обновлено.
Необходимо получить 0B/51,9MB архивов.
После распаковки потребуется дополнительно 140MB дискового пространства.
Продолжить? [Y/n]


Код: [Выделить]

# rpm -ql  R-base gdb gdb-common libboost_date_time1.58.0 \
libboost_filesystem1.58.0 libboost_iostreams1.58.0 \
libboost_program_options1.58.0 libboost_regex1.58.0 \
libboost_signals1.58.0 libboost_system1.58.0 \
libboost_thread1.58.0 rstudio rstudio-common >rstudio.txt


Код: [Выделить]

# grep libR.so rstudio.txt
/usr/lib/libR.so


Код: [Выделить]

# ln -s /usr/lib /usr/lib/R/lib


Код: [Выделить]

# rpm -qf /usr/lib/libR*
R-base-3.4.0-alt1.i586
R-base-3.4.0-alt1.i586


Код: [Выделить]

# ls -l /usr/lib/libR*
lrwxrwxrwx 1 root root       7 май 20 06:49 /usr/lib/libR-2.11.so -> libR.so
-rw-r--r-- 1 root root 2913576 май 20 06:49 /usr/lib/libR.so

Но багрепорт всё равно отправьте.

В оригинальном исполнении, исполняемый файл rstudio ищет библиотеку libR.so не там где она действительно находится.
Количество найденных моделей поиска:

Код: [Выделить]

# grep -rHc 'libR.so' /usr/lib/R/|grep ':1$'
/usr/lib/R/library/survival/libs/survival.so:1
/usr/lib/R/library/splines/libs/splines.so:1
/usr/lib/R/library/spatial/libs/spatial.so:1
/usr/lib/R/library/utils/libs/utils.so:1
/usr/lib/R/library/mgcv/libs/mgcv.so:1
/usr/lib/R/library/parallel/libs/parallel.so:1
/usr/lib/R/library/stats/libs/stats.so:1
/usr/lib/R/library/cluster/libs/cluster.so:1
/usr/lib/R/library/foreign/libs/foreign.so:1
/usr/lib/R/library/class/libs/class.so:1
/usr/lib/R/library/Matrix/libs/Matrix.so:1
/usr/lib/R/library/tools/libs/tools.so:1
/usr/lib/R/library/nlme/libs/nlme.so:1
/usr/lib/R/library/grid/libs/grid.so:1
/usr/lib/R/library/graphics/libs/graphics.so:1
/usr/lib/R/library/methods/libs/methods.so:1
/usr/lib/R/library/nnet/libs/nnet.so:1
/usr/lib/R/library/MASS/libs/MASS.so:1
/usr/lib/R/library/base/html/extSoftVersion.html:1
/usr/lib/R/library/lattice/libs/lattice.so:1
/usr/lib/R/library/grDevices/libs/cairo.so:1
/usr/lib/R/library/grDevices/libs/grDevices.so:1
/usr/lib/R/library/KernSmooth/libs/KernSmooth.so:1
/usr/lib/R/library/rpart/libs/rpart.so:1
/usr/lib/R/modules/internet.so:1
/usr/lib/R/modules/R_de.so:1
/usr/lib/R/modules/R_X11.so:1
/usr/lib/R/modules/lapack.so:1
/usr/lib/R/bin/exec/R:1

Костыль с симлинком поможет запустить rstudio, - см. скриншот.

[Сергей-70]

Есть вроде уже такой баг: https://bugzilla.altlinux.org/show_bug.cgi?id=32722

[Speccyfighter]

Есть вроде уже такой баг: https://bugzilla.altlinux.org/show_bug.cgi?id=32722

Ну значит мейнтейнер на этот пакет забил. Раз уж багрепорту год отроду.
Очень плохо то, что эта бажная программа попала в стабильный репозиторий. Чего не должно быть в принципе.

[Speccyfighter]

Есть вроде уже такой баг: https://bugzilla.altlinux.org/show_bug.cgi?id=32722

Хотите подскажу ещё больший костыль чем сам симлинк? Но быстрым решением. Чтобы не пересобирать весь src.rpm.
Опакетьте этот симлинк.
Идею смотреть тут в конце:
https://www.altlinux.org/SpecTips/triggers
Можете и назвать этот пакет:  rstudio-crutch

[Speccyfighter]

Есть вроде уже такой баг: https://bugzilla.altlinux.org/show_bug.cgi?id=32722

Кстати, только сейчас прочитал багрепорт.
Этот вариант костыля аккуратнее:
https://bugzilla.altlinux.org/show_bug.cgi?id=32722#c0

Делаю
# mkdir /usr/lib64/R/lib

Делаю
# ln -s /usr/lib64/libR.so /usr/lib64/R/lib/

Моим (выше) костылём, который сляпан не задумываясь на скорую руку, лучше не пользоваться.
Естессено пакуется ссылка не напрямую, а поглядывая на
https://www.altlinux.org/SpecTips/triggers
 создаётся через %post. И через %preun удаляется.
По условию:
Определение типа операции с пакетом
Т.о. физически в пакете ни каталога, ни ссылки не будет.
Пример в спеке пакета nm-sysvinit.
Но rstudio-crutch должен устанавливаться последним, после того как каталог /usr/lib{,64}/R будет создан.


Но не мешало бы чтобы ещё и архитектура определялась:

Код: [Выделить]

$ sed -n '25,35p' ~/RPM/SPECS/nm-sysvinit.spec

%post
if [ $1 -eq 1 ]; then
    /sbin/chkconfig nm-group on
fi

%preun
if [ $1 -eq 0 ]; then
    /sbin/chkconfig nm-group off
fi


Оффтоп:
но для nm-sysvinit правильнее было
https://www.altlinux.org/ServiceMaint

Как работать со службами из Spec файлов
Удаление служб

Для корректного удаления всех упоминаний о службе необходимо в %preun поместить макрос %preun_service , который позаботится об остановке службы и удалении её из всех runlevels. Например:

%preun
%preun_service zabbix_mysql

[Сергей-70]

Да, действительно запустился. Правда с таким вот предупреждением

Код: [Выделить]

Error in tools:::httpdPort <= 0L :
  comparison (4) is possible only for atomic and list types
In addition: Warning message:
R graphics engine version 11 is not supported by this version of RStudio. The Plots tab will be disabled until a newer version of RStudio is installed.  Это что же - графики в этой версии не нарисуются?

[Speccyfighter]

Да, действительно запустился. Правда с таким вот предупреждением

Код: [Выделить]

...
In addition: Warning message:
R graphics engine version 11 is not supported by this version of RStudio. The Plots tab will be disabled until a newer version of RStudio is installed.  Это что же - графики в этой версии не нарисуются?

Ну а шо ви таки хочите?
Движок просит более новую версию rstudio:
В добавление: Предупреждающее сообщение:
Графический движок R версии 11 не поддерживается этой версией RStudio.
Вкладка Plots будет отсутствовать, пока не будет установлена более новая версия RStudio.

А она и в сизифе давно протухла:

Код: [Выделить]

$ rpm -qi rstudio|head -n2
Name        : rstudio
Version     : 0.98.501
И её больше года никто не обновлял.
Ибо просящих много, а делающих мало. И притока к ним ноль

И текущая версия:

Код: [Выделить]

$ rpm -qpi rstudio-1.1.383-i686.rpm
Name        : rstudio
Version     : 1.1.383
Release     : 1
Architecture: i686
Install Date: (not installed)
Group       : Development/Tools
Size        : 390003372
License     : AGPL v.3.0
Signature   : (none)
Source RPM  : rstudio-1.1.383-1.src.rpm
Build Date  : Чт 05 окт 2017 03:00:30
Build Host  : ip-10-65-1-21.ec2.internal
Relocations : (not relocatable)
Vendor      : RStudio
Summary     : RStudio
Description :
RStudio is a set of integrated tools designed
to help you be more productive with R. It includes
a console, syntax-highlighting editor that supports
direct code execution, as well as tools for plotting,
history, and workspace management.

Такие дела...

Но вы его всё равно не установите.
Потому что как минимум он потребует пару пакетов, а в альтах он называется не gstreamer-plugins-base, а gst-plugins-base.
Апельсины-то те же, но только стикер в альтах на ящике другой.

[Speccyfighter]

Но если очень хочется, запустить новый Rstudio, всё-таки можно.
Надо создать левый каталог.
Слить туда Rstudio.
Попытаться установить.
Посмотреть и удовлетворить зависимости аналогичными пакетами (названия могут немного не совпасть, но должна совпасть версионность).
Развернуть его через rpm2cpio.
Весь этот каталог архивно-рекурсивно переместить в /usr/local/lib
Весит этот каталог в распакованном виде - 380760K
Через export добить переменную PATH путями.
Наваять десктоп-файл и запускать.
См. скриншот.
Получится грандиознейший костыль.
Кстати на нём вкладка Plots есть.

[Сергей-70]

Но если очень хочется, запустить новый Rstudio, всё-таки можно.

Хотелось бы, конечно, нормальный пакет. Тем более, что у rstudio исходный код выложен https://github.com/rstudio/rstudio/