Здравствуйте!
1)
Какой дистрибутив выбратьЦентОС.
2)
Посоветуйте структуру сетиСтруктура сети, естественно звезда. Если компьютеров очень много, и будет несколько сегментов сети, то можно подумать на счет дерева.
2)
строить домен или сделать одноранговую сетьСмотря что вы понимаете под словом домен, и какой смысл вкладываете в "одноранговую сеть". Это вообще то из разных опер понятия.
DNS домен - крайне желательно.
Для централизованной системы авторизации (и не только) можно (и нужно) поднять NIS.
Можно конечно и Samba домен, что бы потом проще было мигрировать на Windows.
3)
Как установить контент фильтр?Контент фильтров бывает несколько различных типов. Так, что с начало определится с технологией фильтрации, а потом уже идти в соответствующие темы.
Наиболее распространены три типа. Первый на основе выдачи неверных адресов DNS сервером, второй на основе фильтрации трафика на уровне пакетного фильтра, третий на основе фильтрации трафика прокси сервером.
Все три способа легко обходятся, и трудно перекрываются.