Дисковая разметка пересоздается с нуля? В виртуалку ставил много стартеркитов/бет, такая проблема была только когда ставил в автоматически размеченное пространство (ругалось на ext2). Если дисковую разметку удалить, а затем создать заново разделы, то загрузчик устанавливается всегда.