Не трудоёмко, но не очевидно. Как будете определять лимит?
Никак. Просто тупо, скажем, 1Гб поставить (в ~10 раз от текущего для x84_64, и с i586 смысла делить нет, кстати). apt не берёт больше, чем ему надо, а лимит этот, похоже, какая-то перестраховка зачем-то. Конечно, не плохо бы понять, зачем её вводили, но пока создаётся впечатление именно перестраховки. Или рудимент какого-то старого костыля, когда страховка такая требовалась. Это всё без просмотра кода, просто мнение, однако в системе с 256M (даже чуть меньше) у меня apt-get update проблем не вызывает с APT::Cache-Limit 1000000000:
KiB Mem: 245536 total, 241576 used, 3960 free, 1596 buffers
KiB Swap: 1048284 total, 41312 used, 1006972 free, 106920 cached
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
7369 root 20 0 997700 62224 49976 D 22,38 25,34 0:36.63 apt-get
7362 root 20 0 3432 1828 1444 R 4,729 0,744 0:10.13 top
Медленно только очень. И, помнится, кто-то про это (что проблем большое число не вызывает) уже писал, как бы не rider@ в какой-то рассылке.
А про "трудоёмко" - это, как раз, понять, зачем вообще APT::Cache-Limit и избавиться от него.