Если я правильно вас понял, то в первом случае у вас работала пересылка пакетов между интерфейсами на сервере. Во втором же случае, шлюзе, на сервере используется NAT либо прокси, но пересылка пакетов запрещена. Это, если я ничего не напутал.
Какую ошибку выдаёт вам скайп при подключениии ?