Гем пользуетесь, там и прописывать. minicom - значит в конфиге minicom. kppp, значит, в настройках kppp... Ну и так далее.
Во вкладке мобильные соединения есть настройки, но нет поля для задания команд инициализации модема.
Плохо искали. Правый клик - Изменить соединения - Мобильные - выделить соединение - Edit - APN - Изменить.
я так понимаю ни какого отношения к командам инициализации модема параметр APN не имеет.