У меня в школе много компьютеров, где установлены 2 операционные системы - Windows & Linux.
Делаю так:
1. Жёсткий диск разбиваю на 3 части: две части идут под Win (диск C и диск D), а оставшаяся часть - под Linux.
2. Устанавливаю Win, а потом - ставлю Linux.
3. При установке Linux разделы создаю вручную: 1-й - boot (32 MB), 2-й - SWAP (1.024 MB), 3-й - /system (10-15 GB), 4-й - /home (всё остальное).
4. Главное при инсталляции Linux указать, что Linux-загрузчик нужно устанавливать не на какой-то раздел жёсткого диска (sda1, sda5), на на сам винчестер - напр., WD-80-73535 и т. п.