В Терминале аудио вывод задаётся mplayer -ao <drv>, список можно глянуть так mplayer -ao help. Варианты: default, alsa, pulse, pcm
1) Gnome-mplayer не умеет запоминать позицию воспроизведения, эта фишка есть у других реализаций GUI для mplayer ( smplayer исползует sqlite для хранения позиции для всех файлов )
2) В настройках на вкладке Mplayer есть галочка "Программное управление громкостью" она синхронизирует уровень громкости с системным
3)Вот насчёт этого не знаю ,знаю только что колёсиком можно