У меня похожая штука на Desktop 4.1 имеет место. Скрипт юзающий mbstring в браузере выполняется, а в cli нет. Жалуется на отсутсвие функций mb_*. Разумеется это расширение установлено и загружается (если по конфигу судить).
__________________
Спустя некоторое время до меня внезапно дошло, что все модули типа mysql и mbstring и так далее загружаются сервером (то есть только тогда когда php выполняется в качестве модуля httpd2 в моем случае). А в режиме cli это отдельное приложение и все вкусные модули загружать просто некому, так что остается расчитывать лишь на те, которые мейнтейнер php включит в сборку при компиляции. So... Just use perl or Python... А жаль. Правда наверное можно побить в бубен типа dl(), но это уже для энтузиастов.
___________________
Эксперименты показали, что и в предположении выше я был не прав. Все модули в branch 5.0 подхватываются нормально. А в branch 4.1, похоже, имеется баг в результате которого php.ini нужный для того, чтобы, в частности, показать php где ему брать подключаемые модули, не подхватывается в режиме cli. Но если показать php с помощью ключа -c (php -c /etc/php/5.2.7/cli) из какого каталога брать php.ini, то все начинает работать.
