У меня даже лампочки никакие не горят при выключении...
Это ещё не означает, что все устройства отключились. Если светодиоды погасли -- значит отключилась индикация, а устройства сами по себе. Изготовители железа, по непонятным причинам, просто обожают делать софтовую индикацию.
Посмотрите внимательно настройки BIOS, wakeup бывает не только на сетевую карту, но и на USB, мышь, клавиатуру... Даже не только на включение, но и отключение какого-либо устройства.
В системе можно посмотреть на файл /proc/acpi/wakeup (там указано в каких режимах разрешено). Дополнительно, можно поискать файлы с именем "wakeup" и содержимым "enabled" -- результаты поиска могут отличаться от /proc/acpi/wakeup.
Может быть в будущем какая-то поправка в ядре будет, т.к. большая вероятность что дело в нем.
И в этом тоже доля истины есть --
пример (там о тошибе, кстати).
