все также. не работает в прозрачном режиме
Этого описания мало, чтобы понять почему не работает.
Там начинается со слов:Устанавливаем ALT Linux 4.0 Server из коробки.
и дальше по инструкции. Работает. Проверено не раз.
А почему такая любовь к 4.0 ?
Ставьте 6.0 Школьный Сервер, там в любом браузере запускается прозрачный прокси простыми нажатиями мышки.